Ngày 08/02/1961 Thủ tướng Phạm Văn Đồng ký tặng Bằng Tổ quốc ghi công và công nhận là liệt sĩ cách mạng.

Tên ông được dùng để đặt cho đường phố ở Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Bắc Giang, Đà Nẵng, An Giang, Yên Bái và một số thành phố khác của Việt Nam.

Tượng đài tưởng niệm ông ở xã Song Khê, thành phố Bắc Giang đã được tỉnh Bắc Giang cấp bằng công nhận di tích lịch sử. Trường Tiểu học và THCS tại xã Song Khê được mang tên là Nguyễn Khắc Nhu.

Ngày 06/11/2014 khởi công xây dựng tu bổ địa điểm lưu niệm nhà yêu nước Nguyễn Khắc Nhu ở xã Song Khê, hoàn công ngày 26/12/2014 và tổ chức lễ khánh thành ngày 11/01/2015.